Khi phân tích các hoạt động và thành quả của bà, Giáo hoàng Gioan Phaolô II đặt câu hỏi: "Từ đâu mà Mẹ Teresa tìm được sức mạnh và lòng kiên định hầu có thể hoàn toàn hiến mình cho việc phục vụ người khác? Bà tìm thấy nó trong sự cầu nguyện và trong sự tĩnh tâm suy nghiệm hướng về Chúa Giê-su, và Thánh Tâm của Ngài."[52] Trong cuộc sống riêng tư, Mẹ Teresa trải qua một thời gian dài chịu đựng sự khô héo, cằn cỗi trong tâm linh, sự tinh luyện và thử nghiệm đức tin trong "đêm tối của linh hồn"[53] kéo dài gần năm mươi năm cho đến cuối đời, suốt thời gian ấy "bà không hề cảm nhận gì hết về sự hiện diện của Thiên Chúa",[54] - "trong lòng cũng như khi tham dự Bí tích Thánh thể" - theo lời của Linh mục Brian Kolodiejchuk, người chịu trách nhiệm trình bày thỉnh cầu và thu thập chứng cứ cho quy trình phong thánh cho Teresa.[54] Bộc lộ những hoài nghi về sự hiện hữu của Thiên Chúa, và nỗi đau dằn xé tâm linh vì thiếu vắng đức tin, bà viết,

Theo Brian Kolodiejchuk, có thể có một số người giải thích sai điều Teresa muốn nói, đức tin của bà đối với Thiên Chúa không hề sút giảm, trong khi Teresa đánh mất cảm giác kề cận Thiên Chúa, bà không hề tra vấn về sự hiện hữu của ngài.[56] Nhiều vị thánh khác cũng có những trải nghiệm tương tự như trường hợp của Thánh Teresa Lisieux.[56]

Mẹ Teresa yêu tất cả mọi người, vì vậy bà muốn điều tốt nhất cho tất cả những người mà bà gặp - và đó là để đưa mọi người đến gần Chúa. Theo sự hiểu biết và niềm tin của bà, niềm tin vào Thiên Chúa là vốn quý nhất cho mỗi người, nhưng bà không bao giờ can thiệp vào đời sống tâm linh của người khác. Bà nói: